Mokuton (jap. 木遁?) - unikatowa zdolność Pierwszego Hokage z klanu Senju, a teraz Yamato, polegająca na zamianie swej czakry w energie życiową. Niestety wraz z jego śmiercią ta umiejętność na długi czas poszła w zapomnienie, gdyż nikt nie odziedziczył po nim tej umiejętności. Mokuton pozwala użytkownikowi na nieograniczoną kontrolę nad ziemią i wodą, dzięki czemu może wytwarzać wszelaką roślinność i potem nią manipulować. Rozmiary i długości wytwarzanych roślin, są ograniczone jedynie od woli i ilości czakry posiadacza. Ponadto techniki Mokuton pozwalają na kształtowanie drewna według woli użytkownika (Yamato, na przykład potrafi wznieść wielką willę lub stworzyć klona z drewna), dzięki temu shinobi może tworzyć naprawdę wymyślne i oryginalne techniki, które jednak są w znacznym stopniu narażone na techniki powiązane z żywiołem ognia.